Manipulační vlak (neboli manipulák, označovaný zkratkou Mn) je nákladní vlak, který je většinou obsazen vlakovou četou (vlakvedoucí a několik průvodčích nákladní dopravy), projíždí určitou trasu a v každé stanici podle potřeby manipuluje, tj. přibírá nebo odstavuje vozy a obsluhuje vlečky a nakládkové a vykládkové koleje ve stanici (nemá-li stanice vlastní zálohu). Dalším druhem vlaku jsou přestavovací vlaky (zkratka Pv), které převážejí zátěž zejména mezi sousedními stanicemi. Tyto vlaky jezdí většinou bez vlakové čety. Stejně jako se redukují posunovací zálohy, i manipulační vlaky a jejich trasy se časem zkracují a omezují s ohledem na pokles objemů přepravy. Pro porovnání s dneškem si připomeňme jejich dřívější stav a rozsah.
V jízdním řádu 1985/1986, kdy byl objem nákladní dopravy značný, jezdily Mn a Pv vlaky na jednotlivých tratích takto:
Na trati Brno – Havlíčkův Brod jezdily 2 páry Mn v úseku Maloměřice – Žďár nad Sázavou (z toho 1 pár manipuloval v Králově Poli), 1 Mn Tišnov – Maloměřice, vše v čele s lokomotivami řady 210 (ex S 458.0) z LD Maloměřice. Dále zde jezdily 2 Pv Maloměřice – Královo Pole a 1 Pv Královo Pole – Maloměřice s lokomotivami 230 (ex S 489.0) z LD Maloměřice. Posunovací zálohy byly v Králově Poli (lokomotiva řady 720 (ex 435.0) z LD Maloměřice) a v Tišnově (lokomotiva řady 721 (ex 458.1) z LD Brno Dolní, SS Tišnov).
Na trati Brno – Česká Třebová jezdily 3 páry Mn v celé trati, vedené lokomotivami 770, 771 (ex T 669.0, 1) z LD Maloměřice.
Na trati Brno – Přerov jezdily 2 páry Mn Maloměřice – Nezamyslice a 1 pár Mn Maloměřice – Vyškov na Moravě (posun byl prováděl jen ve Vyškově na Moravě s posunovací četou z Nezamyslic, nemanipuloval na trati), vše s lokomotivami řady 770, 771 (ex T 669.0, 1) z LD Maloměřice.
Na trati Brno – Veselí nad Moravou jezdily 2 páry Mn Maloměřice – Šlapanice, 1 pár Pv Maloměřice – Slatina vše s lokomotivou řady 770, 771 (ex T 669.0, 1) z LD Maloměřice. Mezi Maloměřicemi a Blažovicemi jezdilo 5 Pv z Maloměřic a 4 Pv z Blažovic. Dále z Blažovic jezdily 3 páry Mn Blažovice – Veselí nad Moravou s lokomotivami řady 781 (ex T 679.1) z LD Veselí nad Moravou. V Blažovicích byla posunovací četa, která posunovala s lokomotivami od končících vlaků.
Na trati Brno – Břeclav v úseku Maloměřice – Dolní nádraží jezdilo 7 Pv z Maloměřic a 8 Pv z Dolního nádraží, které byly vedeny lokomotivou řady 230 (ex S 489.0) z LD Maloměřice. Dále zde jezdily 3 Mn Maloměřice – Břeclav (nemanipulovaly v Modřicích a Rajhradě), 1 Mn Břeclav – Maloměřice (z Dolního n. do Maloměřic jezdil podle potřeby, Rajhrad se provážel na dolní, Modřice se odstavovaly v Hrušovanech u Brna), 2 Mn Břeclav – Brno dolní n. (Modřice a Rajhrad se provážely na Dolní n.), 1 pár Mn Brno dolní n. – Hrušovany u Brna (Mn z Hrušovan u Brna neobsluhoval Rajhrad), 1 pár Mn Brno dolní n. – Rajhrad, 1 Pv Modřice – Brno dolní n., vše vedené lokomotivami řady 721 (ex T 458.1) z LD Brno dolní a 1 Pv Brno jih – Maloměřice. Na Dolním nádraží posunovaly 1. a 2. záloha (lokomotivy řady. 721 (ex 458.1) z LD Brno dolní) a v Horních Heršpicích 11. záloha (lokomotiva řady 735 (ex T 466.0) z LD Maloměřice, SS Horní Heršpice), která také obsluhovala Brno jih a KTER (kontejnerový terminál).
Na trati Brno – Hrušovany nad Jevišovkou jezdily 2 páry Mn Maloměřice – Hrušovany nad Jev. a 1 Mn Oslavany – Brno dolní n., vše s lokomotivami 735 (ex T 466.0) z LD Brno dolní.
Na trati Brno – Jihlava jezdily 3 páry Mn Maloměřice – Okříšky (při cestě z Brna se Tetčice provážely do Zastávky u Brna, při cestě do Brna se Tetčice, Střelice a zátěž směr Hrušovany nad Jevišovkou odstavuje v Zastávce u Brna), vedené lokomotivami řady 751, 752 (ex T 478.1, 2) z LD Jihlava, a 2 páry Mn Zastávka u Brna – Střelice s lokomotivou řady 721 (ex T 458.1) z LD Brno dolní (tyto vlaky zajišťovala posunovací záloha ze Zastávky u Brna).
V roce 2000 byl stav následující:
Na břeclavské trati se jezdilo do Břeclavi.
Přes Střelice se jezdilo do Okříšek a Hrušovan nad Jevišovkou.
Na Vláře se jezdilo do Bučovic.
Na přerovské trati jezdil jeden manipulák do Sokolnic a druhý do Holubic.
Směrem na Tišnov se jezdilo do Kuřimi.
Na třebovské trati zajížděly manipulační vlaky do Březové nad Svitavou.
Do roku 2007 se tyto trasy dále zkrátily:
Manipulák na břeclavské trati jezdil jen do Modřic (hlavně kvůli zátěži z vlečky Ferony), podle potřeby do Hrušovan u Brna.
Přes Střelice se jezdilo do Náměště nad Oslavou a do Oslavan.
Vlárský manipulační vlak zajížděl do Slavkova u Brna, podle potřeby do Nesovic.
Manipulační vlak na přerovskou trať jezdil ráno po Vláře přes Holubice do Vyškova a Ivanovic na Hané, při svém večerním návratu odbočil v Holubicích na Přerovku a vracel se přes Chrlice.
Na nové Tišnovce se jezdilo do Králova Pole (kvůli vlečce Královopolské strojírny) a do Křižanova.
Na třebovské končila trasa manipulačních vlaků v Letovicích.
Většina těchto manipuláků byla tažena lokomotivami řady 731 (špagetami), do Náměště nad Oslavou dokonce dvojicí. Výjimkou je třebovská trať, kam se jezdilo s kombinací lokomotiv 210 + 704 (žehlička a lego). Lego vypomáhá žehličce při obsluze kolejí a vleček, které nejsou elektrizovány. Ze stejného důvodu jsou žehličky doprovázeny špagetami na Tišnovce a na Přerovce.
V jízdním řádu 2018/2019 je stav jízd Mn a Pv vlaků zajišťovaných společností ČD Cargo, PJ Brno v okolí Brna následující:
Maloměřice – Tišnov – Rožná – Tišnov – Vlkov u Tišnova – Maloměřice s lokomotivou řady 742 jede v pondělí a ve čtvrtek.
Maloměřice – Holubice (přes Blažovice) – Brno-Chrlice – Ivanovice na Hané – Maloměřice s elektrickou lokomotivou řady 230. Jede v pracovní dny. Ve Vyškově na Moravě je na posun dislokována lokomotiva řady 708. Přes Blažovice a Holubice jede kvůli výluce v Brně hlavním nádraží.
Maloměřice – Skalice nad Svitavou – (Letovice podle potřeby) – Velké Opatovice – Maloměřice s lokomotivou řady 731. Jede v pracovní dny.
Maloměřice – Blažovice – Bučovice – (Nesovice podle potřeby) – Maloměřice s lokomotivou řady 742.
Maloměřice – Blažovice (místní zátěž) – Maloměřice s lokomotivami 2x řady 230. Jede v pondělí, středu a pátek.
Maloměřice – Modřice – Brno dolní n. – Brno jih – Střelice – Silůvky – Brno dolní n. – Hrušovany u Brna – Maloměřice s lokomotivou řady 731. Jede v pracovní dny, trasu do Modřic i v sobotu.
Maloměřice – Náměšť nad Oslavou – Maloměřice s lokomotivou řady 742 jede v pondělí, středu, pátek.
Maloměřice – Brno jih (vlečka Terminál Brno, a.s.) – Maloměřice jede každý den a veze kontejnery a návěsy v relaci Rostock – Brno jih a zpět.
Maloměřice – Posvitavské vlečky – Maloměřice s lokomotivou řady 731 (zajišťuje 3. záloha z Maloměřic) jede v pondělí, středu, pátek.
Z důvodů kůrovcové kalamity se nakládá kalamitní dřevo v okolí Brna zejména ve stanicích Vyškov na Moravě, Rájec-Jestřebí, Skalice nad Svitavou, Boskovice, Zastávka u Brna, Tetčice, Kralice nad Oslavou, Náměšť nad Oslavou, Ivanovice na Hané, Knínice u Boskovic, Šebetov a v řadě dalších. Přístavba prázdných a odsun ložených vozů z těchto stanic je řešen mimořádnými obsluhami. V Maloměřicích jsou následně sestavovány ucelené vlaky s kalamitním dřevem.
V Maloměřicích jsou nasazeny 3 posunovací zálohy s lokomotivami řady 731. První záloha (obsazena nepřetržitě mimo neděli den) a druhá záloha (obsazena jen na nočních směnách) obsluhují hlavní svážný pahrbek a rozpouštění vlaků, třetí záloha (obsazena v neděli až čtvrtek v noční směny a pondělí, středu a pátek v denní směny) zajišťuje místní práci, sestavování Mn vlaků a obsluhu vleček.